La Cire assure diverses missions :

Animer au niveau régional les réseaux nationaux et mettre en place des surveillances adaptées aux enjeux régionaux, dans le cadre de la veille sanitaire : 

• Alerter
La Cire effectue une analyse complémentaire de celle des services en charge de la réception et du traitement des signaux à l’ARS. Elle est un pivot de l’alerte en région et le relais de transmission des alertes en provenance de l’InVS pour les Préfets.

• Fournir un appui en matière d’investigation et de gestion des alertes sanitaires
Grâce au support de l’InVS, les capacités d’investigation de la CIRE ne sont pas limitées à ses effectifs propres. Par ailleurs, la CIRE est en mesure d’apporter une expertise plus spécialisée et d’assurer des investigations lourdes (situations épidémiques, sites et sols pollués, infections nosocomiales, clusters, syndrome des bâtiments malsains etc.). De plus, elle apporte son appui aux  services de l’Etat en matière d’évaluation des
signaux et de gestion de situations exceptionnelles.

• Proposer des outils opérationnels constituant une plateforme  technique et d’interface pour les cellules de veille sanitaire des ARS
Système d’information et de mutualisation des pratiques, protocoles de traitement des alertes et d’investigations, outils de communication.

Apporter aux autorités sanitaires en région une expertise opérationnelle (compétences, expertise scientifique, outils et moyens humains de l’InVS), mobilisable en permanence et indépendante, tout en engageant l’InVS.

Établissement public, placé sous la tutelle du ministère chargé de la Santé, l’Institut de veille sanitaire (InVS) réunit les missions de surveillance, de vigilance et d’alerte dans tous les domaines de la santé publique.

« Surveiller, alerter, prévenir »
Créé par la loi du 1er juillet 1998 relative au renforcement de la veille sanitaire et au contrôle de la sécurité sanitaire des produits destinés à l’homme, l’InVS a vu ses missions complétées et renforcées par la loi du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique, afin de répondre aux nouveaux défis révélés par les crises sanitaires récentes et les risques émergents.

Les missions de l’InVS
Surveillance et observation permanentes de l’état de santé de la population
Participer au recueil et au traitement des données sur l’état de santé de la population à des fins épidémiologiques, en s’appuyant notamment sur des correspondants publics et privés constituant le réseau national de santé publique.

Veille et vigilance sanitaires
Rassembler, analyser et actualiser les connaissances sur les risques sanitaires, leurs causes et leur évolution ; de détecter de manière prospective les facteurs de risque susceptibles de modifier ou d’altérer la santé de la population ou de certaines de ses composantes, de manière soudaine ou diffuse ; d’étudier et de répertorier, pour chaque type de risque, les populations les plus fragiles ou menacées.

Alerte sanitaire
Informer sans délai le Ministre chargé de la santé en cas de menace pour la santé de la population ou de certaines de ses composantes, quelle qu’en soit l’origine, et lui recommander toute mesure ou action appropriée pour prévenir la réalisation ou atténuer l’impact de cette menace.

Contribution à la gestion des situations de crise sanitaire
- Proposer aux pouvoirs publics toute mesure ou action nécessaire.
- Participer, dans le cadre de ses missions, à l’action européenne et internationale de la France, notamment à des réseaux internationaux de santé publique dédiés à la surveillance et à l‘alerte sanitaires.

Champ d’action
Les missions de l’InVS s’appliquent à l’ensemble des domaines de la santé publique :
- les maladies infectieuses,
- les effets de l’environnement sur la santé (risques liés à la pollution de l’air, aux expositions aux polluants chimiques…),
- les risques d’origine professionnelle (cancers d’origine professionnelle, effets de l’amiante et des fibres de substitution..),
- les maladies chroniques et les traumatismes (maladies cardiovasculaires, diabète, nutrition…), 
- les risques internationaux et tropicaux (maladies infectieuses touchant d’autres pays mais susceptibles d’atteindre des ressortissants français ou d’être importées : grippe aviaire, Ebola…,
- les maladies et menaces touchant les départements d’outre mer et les départements français d'Amérique : dengue, maladie de chagas, pollution par les pesticides ou le mercure...